Darwin masih muda kala berlayar mengarungi samudera dalam mengisi kehampaannya, lalu cicitan burung Finch di kepulauan Galapagos mampu membuatnya berontak mengamati apa yang sesungguhya alam sediakan untuk sebuah kehidupan. Evolusi organisme dipublikasikan secara hati - hati dalam bukunya On The Origin of Species pada 24 November 1859, dalam buku ini Darwin memuat teori evolusinya sebagai penciptaan spesies baru melalui dua mekanisme utama yaitu seleksi alam dan hanyutan gen. Kedua mekanisme tersebut berarak menciptakan berbagai variasi morfologi maupun sifat terwaris pada suatu oganisme. Pengendali sifat dasar dan struktur hingga orientasi suatu spesies dalam upaya mengembangkan morfologinya adalah gen hox. Gen Hox sangat penting untuk penempatan yang tepat dari struktur segmen hewan selama perkembangan embrio awal (misalnya kaki, antena, dan sayap pada lalat buah atau tulang rusuk vertebrata yang berbeda pada manusia.)
Gen Hox didefinisikan memiliki sifat berikut:
- Kebanyakan dari mereka dihubungkan bersama dalam sebuah cluster atau kelompok berurutan dalam kromosom
- Mereka terorganisir pada cluster sekuensial dalam urutan pola ekspresi sepanjang sumbu cephalo-caudal (kepala ke ekor) organisme.
- Mengandung di dalamnya urutan DNA yang dikenal sebagai homeobox
Dalam evolusi, kelangsungan aliran gen dalam suatu organisme merupakan faktor yang krusial karena menentukan apakah seleksi alam berhasil menyingkirkan sifat terwaris yang buruk dalam suatu organisme atau justru mempertahankan sifat yang berguna dalam prosesinya mempertahankan keberlangsungan hidup. Namun proses evolusi tidak berhenti sampai dimana induk gen yang sama berhasil menciptakan stuktur dasar organisme pada masa embrionik tetapi bagaimana organisme tersebut berhasil mengevolusikan anggota tubuhnya menjadi berfungsi secara maksimal seperti bulu pada burung yang tidak hanya berfungsi untuk terbang saja tetapi sebagai mekanisme pertahanan diri terhadap cuaca maupun pemangsa, berburu, berenang, dan kegiatan lainnya melalui informasi genetika yang diperolehnya. Melalui variasi - variasi informasi genetika yang diperoleh suatu organisme, evolusi berhasil menghasilkan populasi yang perlahan - lahan beradaptasi dengan lingkungan, dan pada akhinya, setelah berlangsung secara terus menerus akan terbentuknya keragaman yang baru, spesies baru.